[Елена Аа]

Отец ребенка гражданинРФ с 1989 Года ,на момент рождения дочери в 2001 г также был гражданином Рф

[Елена Аа]

Отец ребенка являлся гражданином Рф на момент рождения ребенка.Я с ребенком граждане Казахстана.Отец ребенка приезжал к нам в Казахстан на 6месяцев в году.Установил отцовство так же в Казахстане.Сейчас живет в Санкт-Петербурге и мы не общаемся

[Agalex]

Сообщение от Елена Аа

После получения внж оформили дочери (ей 12 лет) пенсию.
Я и дочь,переехали в Россию имеем Внж

Это означает, что несовершеннолетний ребёнок официально проживает на территории РФ.

Сообщение от Елена Аа

подаю на гражданство по межд. Договору по близкому родственнику (моей маме). Дочь тоже идет со мной по международному договору.
выяснилось, что мне надо предоставить разрешение от отца ребенка о его согласии на принятие ребенком гражданства РФ

Елена Аа, никакого согласия и, тем более, разрешения от отца ребёнка Вам не требуется. Это либо отсебятина, либо некомпетентность сотрудников ФМС. А может, просто невнимательность к Вашей ситуации (заявление второго родителя нужно, если бы ребёнок проживал за пределами РФ).
В любом случае, заявите, что ребёнок приобретает гражданство на основании пункта 1 статьи 25 Федерального закона "О гражданстве РФ". И предложите им прочитать эту статью, либо процитируйте её сами:

Статья 25. Гражданство ребенка при приобретении или прекращении гражданства Российской Федерации одним из его родителей
1. Если один из родителей, имеющих иное гражданство, приобретает гражданство Российской Федерации, их ребенок, проживающий на территории Российской Федерации, может приобрести гражданство Российской Федерации по заявлению его родителя, приобретающего гражданство Российской Федерации (это именно Ваш случай).
2. Если один из родителей, имеющих иное гражданство, приобретает гражданство Российской Федерации, их ребенок, проживающий за пределами Российской Федерации, может приобрести гражданство Российской Федерации по заявлению обоих его родителей (а это они хотят от Вас)

И не забудьте вписать дочь в Ваше заявление на получение гражданства, там есть графа "Вместе со мной прошу принять в гр-во моих детей.."