[NewOne]

После выполнения всех работ и получения результатов Заказчик не хочет подписывать акт и производить оплату.

Перечень работ указан в договоре. Часть из них напрямую представлена в виде результатов (например, в виде отчета или программы), а другая часть (например, адаптация к особенностям ситуации у заказчика) присутствует неявно в виде свойств отчетов (содержание которых адаптировано под конкретного заказчика).

Все результаты работы переданы заказчику и их получение подтверждено подписью на 3-й экземпляре акта.
Однако, после получения результатов заказчик внезапно захотел намного больше чем было изначально оговорено и было сделано в ходе проекта.

Срок подписания акта заказчиком давно прошел.
Формальной претензии заказчик исполнителю не направлял.

Однако есть неформальное электронное письмо, в котором заказчик заявляет, что платить не будет и теперь хочет больше.
Хотя в договоре есть пункт, что расширение требований к результатам недопустимо.
Вместе с тем, начальные требования не были официально согласованы, в смысле нет подписи об этом. Однако документы заказчику был направлены и даже были отредактированы по устным замечаниям заказчика.
Результат работы в точности соответствует этим как бы несогласованным требованиям.

Имеет ли смысл в данном запутанной ситуации обращаться в арбитражный суд, чтобы добиться оплаты работ?

[Даниил123]

Смысл не знаю в зависимости от Ваших отношений с контрагентом.
В случае обращения, если

Результат работы в точности соответствует этим как бы несогласованным требованиям

и акты оформлены должным образом то результат вполне очевиден (практически бесспорная задолженность).

[NewOne]

В актах есть все необходимые реквизиты.
Единственное слабое место - вместо полной спецификации работ указана только одна строчка "Работы по договору такому-то" с полной стоимостью договора.
Усложняет ли это ситуацию?

[Даниил123]

В данном случае для подрядчика усложняет: его позиция: "выполнил, но не все".
А в акте "все работы" на общую сумму. Акт - подтверждение выполненных работ.