[Jea]

Вправе ли требовать генподрядчик оплаты услуг генподряда с перечисленных авансов субподрядчику, а не с выполненных работ (оформленных формами КС-2, КС-3)?

[kos]

А что вас смущает? что у вас в договоре написано, что генподрядчик вправе удержать в счет оплаты услуг некий % от общей стоимости работ?
если у вас договором возмещение затрат, связанных с исполнением функций генподрядчика не поставлено в зависимость от исполнения каких-либо иных конкретных обязательств по договору или не прописан четкий порядок удержания генподрядных %, то и пусть удерживает.