[Gasman]

Оплачивать будет ООО "Рога и копыта". Филиал - просто его обособленное подразделение.

[Танечка Сергеевна]

Ну ведь не всегда же оплачивает головное предприятие за свой филиал, ведь есть же филиалы со своим расчетным счетом, которые могут сами оплатить и головное предприятие дает такое право филиалу, как можно постить в такой ситуации?

[Gasman]

Ваш контрагент заключает договор с юридическим лицом. Будет платить филиал или нет, ему абсолютно все равно - это внутреннее дело Вашей организации. И расчетный счет открыт у юрлица, а не у филиала. Юрлицо - оно одно. Филиал - только подразделение.
Если уж так хочется, введите в договор термин "Получатель" (только не делайте его отдельной стороной договора) и укажите, что именно он осуществляет приемку товара и оплачивает его. Только какой в этом смысл?