[Erling]

Получается неразбериха с наименованием сторон:в договоре подряда они Заказчик/Подрядчик, в договоре к-п-Покупатель/Продавец, в соглашении о новации, наверное, Должник/Кредитор...

Дать хоть Арбуз и Утюг Без разницы. Лишь бы было указано, кто Арбуз, а кто Утюг.

А можно ли указать в данном соглашении о новации, что в случае, если право собственности не будет зарегистрировано по каким-то причинам, то соглашение о новации считается не заключенным с сохранением всех условий договора подряда(в т.ч. о неустойке начисляемой с даты нарушения обязательства)???

Нельзя. Если недвижимость не жилая (см. ст.558 ГК), то договор КП не теряет признаков консенсуального договора из-за требования о государственной регистрации перехода права собственности, так как договор КП считается заключенным с момента его подписания сторонами, а не с момента регистрации перехода права: ведь регистрируется не договор (как в случае с жилой недвижимостью), а именно переход права.

Дело в том, что как я понимаю, если по каким-то причинам регистрации права собственности не произойдет, должник будет возвращать сумму долга=стоимости недвижимости (по новационному договору)?

Нет.

Оно получится очень громоздким, учитывая, что договор купли-продажи недвижимости не маленький, плюс, указываем о наличии задолженности (нужно же прописать при каких условиях она возникла)

ИМХО достаточно вставить указание на договор подряда и на акты. Оригиналы этих документов, естественно, важно сохранить.

Но, раз Вы избрали вариант с куплей-продажей, это уже не так важно. КП действительно лучше в том смысле, что неустойка продолжает начисляться.