[Bev]

Alexiya, с трудовым договором не очень повезло, т.к. там четко не прописана база и условия для премирования. Да еще и положения по оплате труда/премированию у вас тоже нет.
Если Вы говорите, что в одном месяце эта премия была, в другом - нет и судя по всему она исчислялась от оклада, и расчетные оистки у Вас на руках имеются, то можно попробовать пообщаться с работодателем на сей счет в таком русле: раз премия хоть-когда-то выплачивалась и уже проходила официально по расчетным листкам и фраза о ней зафиксирована в трудовом договоре, то вы настаиваете на дальнейшей ее выплате.
Жалобы в различные инстанции здесь могут закончиться успехом с вероятностью 50/50, если опять же попытаться делать упор на факт того, что эта премия уже выплачивалась и подтверждение тому - расчетные листки.
Работодатель может занять иную позицию, по своему интерпретировав базу, от которой начислялась премия в размере 97% - и способами вычислений, отличными от ваших, поэтому раньше - платил, а сейчас - нет.
Поэтому начать нужно с переговоров.